Peran Teknologi dan Kerjasama dalam Mitigasi COVID 19 di Indonesia
Pandemi COVID 19 belum berakhir, bahkan semakin banyak bermunculan varian baru dari virus tersebut. Tingkat vaksinasi yang rendah, pelonggaran protokol kesehatan yang terlalu dini, serta kecepatan munculnya varian baru membuat wabah COVID 19 tak kunjung usai. Pada awal tahun 2021, WHO mengumumkan 4 varian of concern, yang merupakan jenis virus COVID 19 yang perlu diwaspadai. Saat ini, entah sudah berapa varian of concern yang diumumkan oleh WHO.
Mitigasi COVID 19 tidak pernah lepas dari proses test and tracing, itu pun kini sudah banyak dihubungkan dengan pemeriksaan WGS (Whole Genome Sequencing). Sementara di negara maju jumlah sampel WGS telah memenuhi syarat WHO, di negara berkembang hal tersebut sangat sulit untuk diterapkan. Hal tersebut disebabkan kurang terstrukturnya strategi dan teknologi yang digunakan untuk melakukan WGS di negara berkembang, termasuk Indonesia.
Situasi Lama Mitigasi COVID 19 di Indonesia
Pada tahun 2020, Kemenkes bersama Kemenristekdikti mendirikan NGSC (National Genomic Surveillance Consortium). Sejak Maret 2020 hingga April 2021, NGSC telah mencatat seluruh kasus COVID 19 yang terjadi di Indonesia. Pada saat itu, waktu yang dibutuhkan sejak koleksi spesimen untuk sequencing hingga upload data ke GISAID, rata-rata adalah 140 hari.
Waktu yang lama tersebut membuat Indonesia berada jauh di bawah standar WHO dalam jumlah pengumpulan spesimen WGS. Untungnya, pada saat itu belum banyak ditemukan varian of concern. Hal ini tentu mengakibatkan keterlambatan dalam proses pelacakan, penanganan, dan pembuatan kebijakan terkait pandemi COVID 19.
Ada banyak faktor yang mempengaruhi lamanya waktu pemeriksaan WGS di Indonesia. Akan tetapi, beberapa penyebab yang diyakini paling berperan adalah keterbatasan reagen, kualitas laboratorium yang inkonsisten, kurangnya sistem informasi laboratorium yang terstruktur, serta biaya operasional yang mahal. Inilah yang membentuk perspektif umum di tengah masyarakat bahwa WGS merupakan instrumen penelitian, bukan bagian dari pelayanan kesehatan.
Berbagai kendala dalam sistem kesehatan dan perspektif umum yang keliru membuat Indonesia sulit memenuhi standar WHO. Ketidakmampuan dalam pemenuhan WGS tersebut lalu berdampak pada lambatnya pelayanan kesehatan. Inilah salah satu sebab terjadinya lonjakan kasus pada Juli 2021, selain tentunya karena kemunculan varian delta yang mampu menyebar dengan cepat.
Upaya Peningkatan Whole Genome Sequencing
Lonjakan kasus COVID 19 pada Juli 2021 membuat Indonesia belajar dan memperbaiki banyak hal. Salah satunya adalah penyusunan strategi untuk meningkatkan jumlah sampel WGS. Ada 5 cara yang dilakukan, yaitu dengan penggunaan teknologi mutakhir ONT (Oxford Nanopore Technology), peningkatan alur kerja, penyederhanaan sistem informasi dan bioinformatika, transisi penggunaan sequencing sebagai strategi mitigasi utama, serta peningkatan kerjasama dan persaingan sehat antar laboratorium.
Penggunaan teknologi baru ONT ternyata memiliki banyak dampak positif. Penggunaan ONT mampu menurunkan waktu pemrosesan WGS, menghemat biaya operasional, bahkan mampu menyediakan fitur monitor secara real time. Keunggulan tersebut merupakan angin segar bagi perjalanan sequencing di Indonesia.
Akhirnya melalui strategi tersebut, terjadi peningkatan jumlah sampel yang diserahkan ke GISAID. Apabila pada Januari hingga Mei 2021 Indonesia hanya mampu menyerahkan 11 sampel per hari, pada Juni hingga Agustus 2021 terdapat 43 sampel yang diserahkan per hari. Peningkatan ini juga diikuti dengan semakin singkatnya waktu yang dibutuhkan sejak pengumpulan sampel hingga penyerahan ke GISAID.
Melalui pemeriksaan WGS tersebut, juga ditemukan bahwa 71% dari total sampel merupakan kasus COVID 19 dengan varian of concern, dengan dominasi varian delta. Varian delta diketahui dengan cepat menggantikan varian B.1.466.2 yang sebelumnya dominan di Indonesia. Kasus COVID 19 dengan varian delta juga ditemukan di banyak tempat, hingga ke daerah pedalaman, serta pada berbagai golongan usia termasuk anak-anak.
Penelitian terkait Whole Genome Sequencing
Usaha yang dilakukan Indonesia dalam mempercepat laju pemrosesan WGS sudah cukup tepat. Akan tetapi, masih ada beberapa cara yang dapat ditambahkan agar mitigasi COVID 19 di negeri ini dapat lebih optimal. Cara-cara tersebut mencakup peningkatan komunikasi substansial antara sektor publik dan swasta, pembuatan platform mobile sequencing untuk menjangkau area pelosok negeri, dan penerapan aturan jumlah minimum sampel untuk dapat lebih cepat mendeteksi adanya varian baru.
Memang beberapa saran di atas sudah mulai dikembangkan, meski belum sempurna dalam pelaksanaannya. Kini sudah mulai bermunculan penelitian yang menggunakan pendekatan WGS untuk menemukan strategi terbaik dalam penanggulangan COVID 19. Termasuk hasil dari penelitian dalam artikel ini dapat Anda baca selengkapnya di link ini.
Meski demikian, Indonesia masih membutuhkan banyak penelitian untuk memberikan saran-saran terbaik bagi perkembangan dunia kesehatan. Bila Anda membutuhkan rekan laboratorium dalam melaksanakan penelitian, silakan klik di sini. Semakin banyak penelitian yang dilakukan, akan semakin membantu pemerintah untuk membangun kebijakan yang tepat dalam mitigasi COVID 19 di negeri ini.
Sumber:
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8831855/